Os recursos dos Fundos deverão ser aplicados, no exercício financeiro em que lhes forem creditados, em ações consideradas como de manutenção e desenvolvimento do ensino para a educação básica pública, conforme disposto no art. 70 da Lei nº 9.394, de 20 de dezembro de 1996.
Cabe aos Municípios a aplicação nos seus respectivos âmbitos de atuação prioritária, conforme estabelecido no § 2º do art. 211 da Constituição Federal, isto é, na Educação Infantil, Especial e de Jovens e Adultos (Fundamental) e Ensino Fundamental.
Ressaltando que até 5% (cinco por cento) dos recursos recebidos à conta dos Fundos poderão ser utilizados no 1º (primeiro) trimestre do exercício imediatamente subseqüente, mediante abertura de crédito adicional.
E, pelo menos, 60% (sessenta por cento) dos recursos anuais totais dos Fundos serão destinados ao pagamento da remuneração dos profissionais do magistério da educação básica em efetivo exercício na rede pública.